Under perioden vecka 5-13 har Folkhälsomyndigheten använt typnings-PCR storskaligt. Övervakning av VOC initierad av Folkhälsomyndigheten övergår från och med vecka 14 helt till helgenomsekvensering.

B.1.1.7 virusvariant av särskild betydelse som först upptäcktes i Storbritannien

Misstänkta fall av B.1.1.7 utifrån typnings-PCR som påvisar mutationer i spikegenen (N501Y i kombination med A570D alternativt Y144DEL)

Resultat från vecka 13 med typnings-PCR från 17 regioner i landet indikerar misstänkt förekomst av B.1.1.7 mellan 72 och 100 procent. I 16 av regionerna utgör varianten 80 procent eller mer vecka 13. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna och mellan veckorna (7–100 %) och underlaget utgör inte ett geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen och antalen misstänkt B.1.1.7 bland proverna som analyserats med typnings-PCR anges nedan i tabell 1 och tabell 2. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop. För Norrbotten saknas resultat för vecka 9 och 13 på grund av byte av laboratorium och litet underlag.

Resultaten gällande genetisk grupp är preliminära och kommer att valideras med sekvensering förutsatt att virusnivåerna i provet är tillräckligt höga

Tabell 1: Andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner vecka 5-13.
RegionVecka 5&6, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 7, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 8, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 9, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 10, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 11, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 12, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)Vecka 13, andel (%) misstänkt B.1.1.7 (95% KI)
Blekinge 0 (0–3) 3,3 (0,4–11,5) 11 (6–19) 50 (41–58) 71 (63–78) 84 (78–89) 92 (86–95) 100 (96 - 100)
Dalarna 18 (13–25) 22 (16–28) 42 (35–50) 57 (52–62) 71 (67–75) 77 (74–81) 88 (85–91) 88 (83 - 91)
Gävleborg 22 (19–24) 45 (41–49) 60 (57–64) 72 (69–75) 83 (81–85) 89 (87–91) 94 (92–95) 95 (92 - 96)
Halland 20 (18–23) 31 (28–34) 51 (47–54) 58 (54–62) 73 (70–77) 78 (74–81) 87 (83–89) 88 (86 - 89)
Jämtland/ Härjedalen 20 (12–30) 27 (21–34) 50 (42–58) 56 (50–61) 63 (57–69) 77 (72–81) 83 (78–88) 94 (88 - 97)
Jönköping 16 (13–20) 35 (30–40) 39 (33–45) 66 (62–71) 84 (81–86) 92 (90–93) 94 (92–95) 97 (94 - 98)
Kalmar 23 (18–29) 43 (36–50) 49 (43–55) 71 (65–77) 83 (78–88) 83 (77–87) 87 (81–91) 95 (93 - 97)
Kronoberg 2,7 (1,2–5,1) 5 (3–8) 6 (3–9) 16 (12–22) 40 (34–46) 67 (60–73) 88 (84–92) 92 (86 - 96)
Norrbotten 6 (4–8) 14 (10–20) 11 (9–15) 48 (40–55) 45 (41–49) 82 (69–91) -
Skåne 16 (14–17) 25 (24–27) 32 (30–35) 50 (48–53) 65 (62–67) 76 (74–78) 83 (81–85) 83 (81 - 85)
Stockholm 27 (24–31) 41 (37–45) 53 (49–58) 66 (61–70) 79 (76–81) 84 (82–86) 88 (86–89) 92 (91 - 93)
Sörmland 8 (6–10) 22 (18–26) 37 (33–41) 48 (43–52) 67 (63–71) 77 (74–80) 84 (81–86) 88 (85 - 90)
Uppsala 9 (6–13) 13 (8–21) 56 (46–65) 51 (46–57) 64 (59–69) 67 (62–72) 84 (80–87) 90 (86 - 94)
Värmland 12 (8–19) 17 (12–23) 26 (20–33) 46 (40–51) 53 (49–58) 67 (62–71) 67 (63–71) 75 (70 - 80)
Västernorrland 5 (3–9) 19 (15–24) 40 (33–46) 68 (62–73) 77 (73–81) 86 (82–89) 96 (94–97) 96 (92 - 98)
Västmanland 11 (9–15) 19 (14–24) 25 (20–31) 40 (34–46) 53 (48–58) 71 (66–75) 82 (78–85) 91 (87 - 93)
Västra Götaland 24 (23–26) 36 (34–37) 47 (45–48) 57 (55–59) 73 (71–74) 78 (77–80) 82 (81–83) 83 (82 - 85)
Örebro 8 (5–12) 31 (23–39) 40 (33–48) 61 (54–68) 73 (67–78) 86 (82–90) 91 (88–94) 96 (93 - 97)

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Tabell 2: Antal misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner vecka 5-13.
RegionVecka 5&6, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 7, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 8, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 9, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 10, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 11, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 12, antal misstänkt B.1.1.7Vecka 13, antal misstänkt B.1.1.7
Blekinge 0 2 11 65 102 146 147  122
Dalarna 37 42 73 227 334 526 579  230
Gävleborg 215 335 572 681 1005 970 1202  400
Halland 154 256 448 387 473 460 391  1375
Jämtland/ Härjedalen 17 52 77 166 176 266 222  120
Jönköping 71 113 112 317 624 943 925  328
Kalmar 55 81 139 149 194 173 145  471
Kronoberg 9 12 20 39 97 134 273  120
Norrbotten 28 32 51 85 274 42
Skåne 545 531 590 744 947 1218 1401  1567
Stockholm 203 231 259 324 819 1967 1575  3294
Sörmland 41 82 212 246 364 613 651  751
Uppsala 31 16 68 174 268 274 366  226
Värmland 18 32 49 146 238 291 332  203
Västernorrland 17 66 88 211 328 422 498  216
Västmanland 57 52 62 123 209 303 434  300
Västra Götaland 1 195 1 325 1 744 1 806 2408 2906 3359  2824
Örebro 16 42 68 134 179 297 436  424

Figur 1: Andel misstänkta B.1.1.7 i 19 regioner över tid per vecka för vecka 5-13.

Konstaterade fall av B.1.1.7 utifrån helgenomsekvensering

15 119 bekräftade fall av B.1.1.7 är påvisade i landet till och med vecka 13 till Folkhälsomyndighetens kännedom. Då fallen som sekvenseras utgör en begränsad andel av det totala antalet positiva fall samt att de långa svarstiderna ger en fördröjning i rapporteringen ger dessa fall inte en rättvisande bild av den aktuella förekomsten i landet av B.1.1.7.

B.1.351 och P.1 virusvarianter av särskild betydelse som först upptäcktes Sydafrika respektive Brasilien

Möjliga fall av övriga virusvarianter av särskild betydelse (VOC) utifrån typnings-PCR

Resultat från vecka 13 med typnings-PCR från 17 regioner i landet indikerar möjlig förekomst av övriga virusvarianter av särskild betydelse mellan 0 och 14 procent. I två regioner utgör varianterna 10 procent eller mer vecka 13. Andelen av regionens fall som har analyserats med typnings-PCR varierar mellan regionerna och mellan veckorna (7–100 %) och underlaget utgör inte geografiskt och demografiskt representativt stickprov. Andelen och antalen möjliga övriga VOC bland av analyserade prover anges nedan i tabell 3 och 4. Vid undersökningens början var det inte möjligt att härleda säkert vilka veckor proverna representerar varför resultat från vecka 5 och 6 presenteras ihop. För Norrbotten saknas resultat för vecka 9 och 13 på grund av byte av laboratorium och litet underlag.

Då N501Y förekommer bland annat i B.1.351 och P.1 virusvarianterna tyder resultatet på att de är möjliga sådana fall. N501Y förekommer även i andra varianter. Samtliga prov med denna mutation är nu under pågående sekvensering

Tabell 3: Andel möjliga övriga VOC i 19 regioner under vecka 5-13.
RegionVecka 5&6, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 7, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 8, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 9, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 10, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 11, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 12, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)Vecka 13, andel (%) möjlig annan VOC (95% KI)
Blekinge 0 (0–3) 0 (0–6) 1 (0–5,5) 3,8 (1,3–8,7) 1,4 (0,2–5) 0,6 (0–3,2) 2,5 (,7–6,3)  0 (0 - 3)
Dalarna 6 (4–11) 4,1 (1,8–8) 15 (10–21) 20 (16–24) 17 (14–21) 11 (9–14) 8 (6–11)  11 (8 - 16)
Gävleborg 0,2 (0–0,7) 0 (0–0,5) 0,2 (0–0,8) 0,6 (0,2–1,4) 0,3 (0,1–0,8) 0,3 (0,1 -0,8) 2 (1–3)  2,1 (1 - 4)
Halland 0 (0–0,5) 0,5 (0,1–1,2) 0,8 (0,3–1,6) 0,7 (0,2–1,7) 0,2 (0–0,9) 2 (1–3) 0,2 (0–1,2)  0,5 (0,2 - 1)
Jämtland/ Härjedalen 0 (0–4,2) 1,6 (0,3–4,5) 1,9 (0,4–5,6) 1,7 (0,5–3,9) 3,2 (1,5–6) 1,2 (0,3–2,9) 1,1 (0,2–3,3)  0,8 (0 - 4,3)
Jönköping 0,2 (0–1,3) 0 (0–1,1) 0,3 (0–1,9) 0,4 (0,1–1,5) 0,4 (0,1–1,2) 1 (1–2) 1 (1–2)  0,3 (0 - 1,6)
Kalmar 0 (0–1,5) 0 (0–1,9) 0,4 (0–2) 0 (0–1,7) 0 (0–1,6) 1 (0,1–3,4) 0 (0–2,2)  0 (0 -0 ,7)
Kronoberg 1,2 (0,3–3) 2,7 (1,1–5,5) 1,4 (0,4–3,2) 10 (6–14) 2,9 (1,2–5,8) 0,5 (0–2,8) 0 (0–1,2)  0 (0 - 2,8)
Norrbotten 0 (0–0,7) 0 (0–1,7) 0 (0–0,8) 0 (0–2,1) 0,2 (0–0,9) 0 (0–7)
Skåne 0 (0–1) 1 (0–1) 1 (0–1) 0,2 (0–0,6) 1 (1–2) 1 (1–2) 1 (0–1)  0,2 (0 - 0,5)
Stockholm 3 (2–5) 6 (4–8) 6 (4–9) 5 (4–8) 3 (2–5) 3 (2–3) 4 (3–5)  2 (2 - 3)
Sörmland 1,7 (0,8–3,2) 3 (1–5) 2 (1–3) 0,8 (0,2–2) 0,9 (0,3–2,1) 0,8 (0,3–1,6) 3 (2–4)  0,7 (0,3 - 1,5
Uppsala 0,3 (0–1,6) 0,8 (0–4,6) 1,6 (0,2–5,8) 10 (7–14) 8 (6–11) 10 (7–14) 9 (6–12)  5 (3 - 9)
Värmland 4,8 (1,9–9,6) 8 (5–13) 6 (3–11) 8 (5–11) 10 (8–13) 16 (13–20) 14 (11–18)  14 (10 - 19)
Västernorrland 0 (0–1,2) 0,3 (0–1,6) 0,9 (0,1–3,2) 0 (0–1,2) 0,5 (0,1–1,7) 1,8 (0,8–3,4) 0,2 (0–1,1)  0,4 (0 - 2,4)
Västmanland 2 (1–4) 2,9 (1,2–5,6) 2 (0,7–4,6) 10 (7–14) 14 (11–18) 10 (7–13) 8 (6–11)  3 (2 - 6)
Västra Götaland 2 (2–2) 3 (3–4) 4 (3–4) 4 (4–5) 4 (3–5) 7 (6–8) 7 (6–8) 5 (4 - 6)
Örebro 2,9 (1,1–6,1) 2,9 (0,8–7,3) 5,3 (2,4–9,8) 3,2 (1,3–6,5) 7 (5–12) 6 (3–9) 1,9 (0,9–3,5)  0 (0 - 0,8)

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Tabell 4. Antal möjliga övriga VOC i 19 regioner under vecka 5-13.
RegionVecka 5&6, antal möjlig annan VOCVecka 7, antal möjlig annan VOCVecka 8, antal möjlig annan VOCVecka 9, antal möjlig annan VOCVecka 10, antal möjlig annan VOCVecka 11, antal möjlig annan VOCVecka 12, antal möjlig annan VOCVecka 13, antal möjlig annan VOC
Blekinge 0 0 1 5 2 1 4  0
Dalarna 13 8 25 79 79 77 55 30 
Gävleborg 2 0 2 6 4 3 27
Halland 0 4 7 5 1 10 1
Jämtland/ Härjedalen 0 3 3 5 9 4 3
Jönköping 1 0 1 2 3 12 13
Kalmar 0 0 1 0 0 2 0
Kronoberg 4 7 5 23 7 1 0
Norrbotten 0 0 0 0 1 0 0
Skåne 17 16 12 3 14 19 13 3
Stockholm 23 31 30 27 35 63 74 74
Sörmland 9 10 11 4 5 6 20
Uppsala 1 1 2 34 34 41 37 13 
Värmland 7 15 11 25 45 69 71 37 
Västernorrland 0 1 2 0 2 9 1
Västmanland 10 8 5 32 57 43 44 10
Västra Götaland 92 130 136 132 129 256 289 165 
Örebro 6 4 9 7 18 19 9  0

*Andelar beräknade på antal högre än 10 avrundas till heltal, andel och konfidensintervall kan därför få samma värde.

Figur 2: Andel möjliga övriga VOC i 19 regioner över tid per vecka för vecka 5-13.

Konstaterade fall av B.1.351 och P.1 utifrån helgenomsekvensering

Till och med vecka 13 har

  • 622 fall av B.1.351 bekräftats i Sverige genom sekvensering.
  • 35 fall av P.1. bekräftats i Sverige genom sekvensering.

Nämnardata helgenomsekvensering

Urvalet av prover från fall med covid-19 för helgenomsekvensering selekteras utifrån olika kriterier så som utlandsvistelse, del i klusterspridning, återinfektion samt slumpvisa prov varför de inte utgör ett representativt stickprov för alla fall med covid-19. Antalet är preliminära och kommer att justeras när ytterligare prov är färdiganalyserade. Totalt sekvenserade prov från vecka 51 till och med vecka 13, är 25 329.

Läs mer